Das zentrale Thema der Forschung der AG Bondar war die Verwendung von theoretischen biophysikalischen Methoden zur Aufklärung von Mechanismen in komplexen Proteinen. Die drei Forschungsschwerpunkte waren die Rolle der Dynamik von Protonierungen für die Funktion von Membranproteinen, wie auch die Kopplung von chemischen Reaktionen (Protontransfer, Hydrolyse von Adenosintriphosphat) mit großflächigen Konformationsänderungen und der Einfluss der Lipidumgebung auf die Funktion von Membranproteinen.